常規反相分析色譜柱進行實際樣品分析的推薦步驟：
1. 確保流動相潔凈，每隔24-48小時就應新配水相流動相，并同時更換或仔細清洗流動相溶劑瓶，以避免流動相長菌。確保實驗室純水系統工作正常。
2. 確保樣品不含顆粒型雜質。如樣品過臟，或有微粒存在，需要考慮適合的樣品制備方法。在使用樣品過濾器時，確保濾膜為0.22 μm，且與樣品溶劑完全兼容(不發生溶解)。也可考慮使用高速離心法去除顆粒性雜質，例如8000 rpm轉速以上離心20分鐘后，移取樣品上清液進樣。
3. 確保樣品溶液與流動相條件兼容，進樣后不會發生沉淀、或溶劑不互溶情況。通常使用流動相或比流動相洗脫強度弱的溶液(即有機溶劑比例較低)溶解或稀釋樣品，這樣可以獲得更好的峰形和檢測靈敏度。
4. 如系統在線混合生成流動相，預先檢查流動相各組分的兼容性。例如，當磷酸鹽緩沖液與高濃度乙腈(例如?70%)混用時，可能發生鹽析出。
5. 了解色譜柱的操作使用限度。如果所使用的流動相條件、柱溫、以及樣品溶液條件，不利于色譜柱壽命時，請使用保護柱以延長柱壽命。
6. 在使用流動相進行柱平衡之前，如果流動相中含有可能析出的緩沖鹽，先使用5倍柱體積的有機溶劑-水溶液進行過渡。例如，在使用40/60甲醇/磷酸鹽緩沖液流動相之前，先使用5倍柱體積的40/60甲醇/純水溶液沖洗色譜柱。
7. 在常規分析過程中，每針或間隔若干針清洗柱內可能積累的污染物。完成分析后，徹底清洗色譜柱，除去柱內緩沖鹽和污染物。
8. 在色譜柱使用過程中，定期進行柱效測試，記錄塔板數與壓力，從而追蹤監控色譜柱的性能變化。柱效測試方法應固定。
9. 反相色譜柱應保存于100%乙腈中。如色譜柱使用于高溫或極端PH條件，或停用色譜柱超過72小時，用100%乙腈保存色譜柱。
10. 使用原配的柱堵頭，確保堵頭擰緊以避免柱內溶劑揮發。取放色譜柱時避免磕碰掉落。
